El maratón se realiza en cada Festival de las Aves y es una sana y divertida competencia en la que que personas y equipos de observadores de aves salen en búsqueda de la mayor cantidad de especies de aves posible durante un tiempo limitado.
Esta actividad es una gran oportunidad para amantes de la naturaleza y las aves para pasar un rato agradable y divertido, donde podrán conocer las aves de Bahía San Quintín.
Ganadores
2017
Primer maratón en San Quintín
- Fecha: 9 de diciembre de 2017
- Primer lugar de la categoría de principiantes: equipo “Los Padres“, 18 especies
- Primer lugar de la categoría de avanzados: Roberto Pineda, 54 especies

2018
Primer maratón en Ensenada
- Fecha: 10 de marzo de 2018
- Primer lugar de la categoría de principiantes: equipo “Los Nevados“, 47 especies
- Primer lugar de la categoría de avanzados: Roberto Pineda, 66 especies

Segundo maratón en San Quintín
- Fecha: 6 al 8 de diciembre de 2018
- Primer lugar de la categoría de principiantes: equipo “Los Chipes“, 19 especies
- Primer lugar de la categoría de avanzados: equipo “Los Alaskanos Perdidos”, 70 especies

2019
Tercer maratón en San Quintín
- Fecha: 8 y 9 de noviembre de 2019
- Primer lugar de la categoría de principiantes: equipo “Los Correcaminos”, 26 especies
- Primer lugar de la categoría de avanzados: equipo “Familia Acuática”, 70 especies

2021
Cuarto maratón en San Quintín
- Fecha: 3 al 7 de noviembre de 2021
- Primer lugar de la categoría de principiantes: equipo “Los Correcaminos”, 49 especies
- Primer lugar de la categoría de avanzados: equipo “Extremofilos”, 53 especies
